Шэн Янь родился неподалеку от Шанхая в 1931 году. В 13 лет стал монахом монастыря Гуанцзяо в Волчьих Холмах Наньдуна. В 16 лет был переведен в шанхайский монастырь Дашэн, а затем поступил в Буддийскую Академию в Шанхайском монастыре Цзинань, где испытал значительное влияние наставлений чаньских учителей Сюй Юня (Пустое Облако) и Дай Сюя, приезжавших в Шанхай.

В 1949 году, после прихода к власти коммунистов, вступил в националистическую армию и отправился на Тайвань, где служил в качестве радиста, офицера связи и офицера интендантской службы. Несмотря на это, он продолжал практиковать и в 1956 году во время отпуска по болезни написал свою первую книгу и множество статей. В 28 лет, посещая различные монастыри, он обрел самое глубокое духовное переживание своей жизни. Впоследствии его просветление было признанно наставниками двух основных линий преемственности чань-буддизма (яп. Дзэн): Линьцзи (яп. Риндзай) и Цаодун (яп. Сото) и он стал наследником Учения этих двух традиций.

В 1959 году после выхода в отставку с военной службы, он вновь вернулся к монашеской практике в Центре буддийской культуры в Пэйтоу, Тайпэй. Годы с 1961 по 1968 наставник Шэн Янь провел в уединенном затворничестве в монастыре Чжаоюань в горах Тайваня. Читал лекции по буддизму в монастыре Шаньдао в Тайпэе, а затем отправился в Японию, где получил степень магистра (1971) и доктора (1975) по буддийской литературе в университете Риссё. В 1975 г. он принял формальную передачу учения от чаньского наставника Тун Чу традиции Цаодун, а в 1978 году - от чаньского наставника Лин Юаня традиции Линьцзи.

В 1977 г. он прибыл в США, где стал настоятелем Нью-йоркского Храма просветления. В 1978 г. стал профессором в Университете китайской культуры и президентом Института буддийской культуры Чжунхуа в Тайпэе. В 1979 году наставник Шэн Янь стал настоятелем тайваньского монастыря Нунчань, где в настоящее время живут около 100 посвящённых монахов и монахинь, а в следующем году основал Центр чаньской медитации и Институт буддийской культуры Чжунхуа в Нью-йорке. В 1989 году он основал Международный культурный и образовательный фонд «Гора Барабана Дхармы».

Открывшийся в 2005 году храм, процесс строительства которого занял 16 лет, располагает в настоящее время филиалами по всему миру. В числе незавершенных наследий наставника остался Буддийский университет, о проекте которого Шэн Янь объявил еще в 1996 году, но так и не собрал необходимых для его создания средств.

Настаник Шэн Янь скончался 3 февраля 2009 года в возрасте 79 лет.