Это что, шутка?
Как же ты делаешь книги без софта?
вычитку обычно глазами делают.
Вообще-то редактируют fb2 обычно программой FBE
см. Софт в колонке справа.

По поводу "Аватара": названия глав следует тоже вставлять в заголовки - получится не просто "Глава 2", а "Глава 2. Погоня".

Что за "note" у Вас там торчит - это чей коммент, Ваш или автора? Если Ваш, судя по знаку вопроса, и Вы не поняли логику изложения автора, то это следует адресовать именно ему (пусть редактирует собственные несообразности!), а не читателю. Об этом здесь была длительная дискуссия в районе октября-ноября, поищите на форуме и почитайте. (Я считаю, что комментарии допустимы только фактологические, но никак не другие, вроде Вашего. )

Правка неверной разметки, грубых орфографических ошибок, разбитых абзацев и т.п. делается скриптами для FBE от Sclex'а. Вычитка книг есть процесс корректорский и редакторский, производится не с помощью софта, а с помощью Орфографического словаря и Дитмара Эльяшевича Розенталя.

Из спецредакторов, приспособленных для полуавтоматической вычитки текста, могу предложить After Scan 5.1. Он платный, но какое-то время работает без ограничений. Если найдете "таблэтку", свистните:)

Кстати, Ворд с Орфо вполне можно считать полуавтоматическим.