Спец.символ для ударения как раз есть. Сервис —> Настройки —> Клавиши —> Символы —> Комбинированный острый акцент. Назначьте клавиши и используйте на здоровье.
Ставится он после ударной гласной. Чтобы он отображался, нужно использовать не все, а unicode-шрифты. Например Times New Roman, Arial, Verdana, Trebuchet MS и другие. Ну так они нужны и для других нормального отображения спец.символов.
В шрифте Verdana, версий до XP включительно, знак уползает вправо не один символ, но если использовать в той же XP или Windows2000 шрифты Verdana из Vista или Windows7, то всё отображается отлично.
Zadd, если интересует, почему не стоит использовать нерусские буквы с ударениями, свяжитесь с Рыжим Тигрой. Он объяснит более квалифицированно. Я же сталкивался с некорректной конвертацией таких fb2 в doc некоторыми программами.

раньше на Либрусеке говорили, что ударения нужно обозначать специальным знаком и что буквы с ударениями для этого не годятся.

Цитата:

А почему нельзя просто заменить символ. В шрифтах имеется ć ó é á ѓ ќ ý. Или это вызвано особенностями FB2?

Потому что как раз не во всех шрифтах эти буквы есть. И ещё как раз потому, что эти буквы таки НЕрусские, т.е. не входят в кодовые страницы кириллицы - ни во всякостандартные, ни в юникодную U+0400. Их ничем не найти; при чуточной кривизне перекодирования (utf8->1251, например) они превращаются в русские, но не в те (слово "бо́льший", например, легко и непринуждённо превращается в "бульший")... Короче, создаётся уйма геморроев.

Zadd написал:

пребываю в сомнениях, что лучше: воспользоваться спецбуквами или спецсимволом для ударений.

Специмволом, ясен перец.

Zadd написал:

Для символа для ударений есть одно препятствие: в разных шрифтах он читается по-разному и в одних его нужно писать перед ударной буквой, а в других - после.

Стандартно знак ударения имеет ширину 0 и прорисовывается на ~0.5en, т.е. на полбуквы, левее своего знакоместа, т.е. ставиться должен после ударной буквы. Шрифты, в которых графический знак "ударение" смещён вправо от знакоместа, следует немедленно уничтожать как заразные, а их авторам бить морду до тех пор, пока не исправят.
(На самом деле, насколько я в курсе, был только один шрифт с такой граблей - Verdana, но и его в конце концов исправили.)
Отдельный вопрос - моноширинные шрифты, в них символ "ударение" занимает целое отдельное знакоместо; но обычно в таких шрифтах знак ударения располагается высоко над буквами и сильно наклонен справа сверху влево вниз, т.е. опять же указывает на предшествующую букву. Что как бы довольно комфортно читается.

Zadd написал:

А во всех ли шрифтах видны спецсимволы с ударениями.

Нет, ясен перец. Поэтому если умеешь - лучше в такие шрифты добавлять значок ударения и распространять получившееся с пометкой, что шрифт таки дополнен и улучшен; а автору первоноачального варианта пусть будет стыдно, что за ним подметают переделывают. :-)