Делаем fb2 книгу fb2. Разделы разного уровня, подразделы Чтобы не запутаться в терминах, буду использовать слова "сноска", "примечание" и "комментарий" как: Сноска (постраничная) – примечание внизу страницы. Помогает понять "темные" места текста: иностранные слова, аббревиатуры, архаизмы, сленг и т.д.. Обычно, небольшие. Примечание (концевая сноска) – помещается в конце книги в отдельном разделе "Примечания" или, как составная часть, в "Комментарий". Более развернутые объяснение к разным местам текста, помогающее понять не только текст, но и контекст. Комментарий – общая информация о произведении: время и обстоятельства написания и издания, как была воспринята читателями, как вписывается в литературный процесс и т.д.

Первый способ Сноски и примечания идут подряд, по мере появления в тексте. Их текст находится в body, с атрибутом: name="notes" Ставятся сразу после комментируемого слова или фразы. Можно через пробел (с пробелом или нет – спорят до сих пор). FBE оформляет их как [x].

Расстановка в FBE (наверняка есть более быстрый способ – поделитесь): При подготовке дока после сканирования, сноски (постраничные) вписываются в квадратные скобки после комментируемого слова или фразы (semper fidelis[Всегда верен (лат.).]). На том месте, где стояли метки примечаний (концевых), ставим + или другой не используемый в тексте символ. Сам текст примечаний переносим в отдельный док.
После переноса всего текста в FBE включаем Меню\ Скрипты\ Примечания\ [Примечания] – сноски расставлены. Потом с помощью Поиска (Ctrl+F) находим + и применяем Меню\ Скрипты\ Примечания\ Вставка с переходом. В открывшуюся секцию перетаскиваем текст примечания. Дальнейший поиск – F3. Вставка с переходом подгоняет номера сносок в соответствии с их местом в тексте.
NB: в примечаниях обычно повторяют комментируемые слова или фразы (semper fidelis - всегда верен (лат.).). Но при этом способе их можно не повторять (оставляем: Всегда верен (лат.).).
Недостатки этого способа: в распечатанном варианте сноски могут занимать очень много места на странице, вытесняя сам текст.

Второй способ Сноски расставляем как описано выше. А для примечаний используем Меню\ Скрипты\ Комментарии\ Вставка с переходом. Будет создано новое body, с атрибутом: name="comments". Теперь сноски оформлены как [x], а примечания - {y}. При распечатке сноски окажутся внизу страницы, а примечания – в конце дока отдельным списком. "Недостатки": 1. при просмотре rtf-файла на компьютере примечания "мертвые", чтобы их увидеть придется каждый раз их искать в конце дока; 2. "мертвые" они и в CoolReader2.

ИМХО: предпочитаю первый способ. Деревья жалко. Читайте на девайсах.

Комментарий – помещается в отдельную секцию после самого произведения. Но если книга состоит из множества произведений, как сборник стихов или небольших рассказов, и у каждого произведения есть свой комментарий, то тогда эти комментарии можно оформить как сноски (при 1-м способе) или примечания (2-й способ). Помещаются они в пустой строке в начале или в конце рассказа или стихотворения: ОСЕНЬ [1] Текст

PS Пересмотрел свое отношение ко 2-му способу: он более точно передает структуру книги, а его "недостатки" – баги конвертора и читалки.